La Struttura Commissariale non è soggetta al controllo della Corte dei Conti; ciònonostante il Commissario, fino all’Ordinanza n.31 ha sottoposto al controllo preventivo della Corte tutte le proprie Ordinanze ottenendone la registrazione da parte della sezione regionale di controllo. Successivamente ha sempre inviato alla Corte, per conoscenza, i propri Rendiconti Annuali.